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[🔔综述] 一文搞明白“基因扩增、过度表达、基因融合检测”三者的异同

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三叶草 发表于 4 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
概 念

  • 基因扩增(gene amplification):在功能基因组学中常用gene duplication,即基因从一个拷贝变成两个或多个拷贝,既可能发生在同一染色体上,也可能发生在不同染色体上,而基因扩增直接影响是会导致基因的过度表达。

  • 过度表达(overexpression):基因的过度表达是指转录形成RNA的水平相对于正常条件显著增加,而RNA水平的上升会导致翻译蛋白的过度积累,即蛋白水平的过度表达。

  • 基因融合(gene fusion):两个或多个基因在DNA序列上发生了不同程度的拼接与融合,形成新的嵌合体基因(chimeric gene),执行新的生物学功能。参与融合的基因可能保留各自完整的序列,也有可能只是保留了各自序列的一部分。




7e3d75c2cccd72f992816846175d3ea7.jpg 三个概念的图解及常用检测技术

检测方式异同

  • 基因扩增与基因融合:
基因扩增与基因融合导致的突变均是直接表现在DNA序列上的改变,因此常用的技术手段有DNA原位荧光探针标记(FISH),高通量DNA测序。而针对基因融合的检测,也常用高通量RNA测序,rtPCR与RNA microarray技术。
其中FISH是MET扩增常用检测方法,但扩增标准缺乏共识。

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目前按照MET/CEP7比值分层,如下:

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  • 过度表达:

过度表达主要表现为基因转录和翻译后的产物累积,所以针对转录RNA水平的检测有高通量RNA测序,real-time PCR与RNA microarray技术。针对翻译后蛋白水平的检测,较为常用的是免疫组化技术(IHC),尤以癌症研究中常用。

作用效果异同

  • 基因扩增:
基因扩增会直接导致基因的过度表达与蛋白水平的过度翻译,造成蛋白产物的累积,例如乳腺癌细胞中HER2基因扩增,会造成细胞表面HER2受体成百倍的增加。


  • 基因融合:

基因融合后形成新的嵌合体基因,会导致细胞内异常蛋白过度表达积累,常见的例子为慢性粒细胞性白血病是由于BCR/ABL1融合基因表达嵌合体BCR/ABL1蛋白引起的。


  • 过度表达:

但是造成基因或蛋白过度表达的因素很多,比如转录调控过度激活(NF-κB等),表观遗传修饰改变(DNA甲基化等)。同理,在进化上基因扩增提高了物种可塑性;而基因融合形成了新基因,产生新的生物学功能。



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