近年来由于高效、低毒化疗药物的开发以及治疗策略的进展，长期生存的肿瘤患者较前明显增加，因此抗癌药物的远期不良反应已日益受到人们的关注。
化疗的远期不良反应主要是不育及可能发生第二原发肿瘤。
由于生殖细胞分裂较快，故易受抗癌药影响，特别是烷化剂类容易引起男性患者睾丸萎缩、精子减少，女性患者卵巢功能受损、子宫内膜增生地下及不育。有些抗癌药还可影响染色体，引起畸胎或流产。
抗癌药本身也是致癌物质，并抑制机体细胞免疫；因此，化疗后可引起第二次原发性肿瘤，特别是烷化剂等药物与放疗合用后发生第二原发肿瘤的几率增加。
不同的化疗药物的远期毒副作用不同，需要在化疗前问清楚专科医师。
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