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任何手术都有其一定的危险性，肺切除术仍然是大型的外科手术，有一定近期与远期危险，少部分患者不可避免的会死于全麻意外和肺切除术。但因为手术能为部分患者完整切除肿瘤，提供最好的治愈机会而始终成为首选。
肺切除术用于治疗肺癌已有近一个世纪，几经演变已非常成熟，可用于很多肺部疾病的治疗。一般而言楔形切除术、肺段切除术、肺叶切除术的死亡率在2%以内。全肺切除术的死亡率在5%到8%。当然，尚有许多的因素影响着手术的风险性，其中最主要的是患者术前的高危因素包括高龄，重度吸烟，中风史，慢性梗阻性肺病，术前有放疗史和其他潜在的慢性疾病如心脏病、控制不好的糖尿病、肾功能衰竭、艾滋病等。
目前认为术前化疗未明显增加手术死亡率及并发症发生率，但术前放疗明显增加手术危险性。单一手术的死亡率为5%到8%，术前化疗的死亡率为5%到10%。故常用的术前治疗为化疗而非放疗或放化疗。40%到60%术后患者发生各种近期并发症，包括由于呼吸功能衰竭需延长呼吸器辅助呼吸的时间。主要的并发症包括支气管残端瘘，急性呼吸窘迫综合症（ARDS），心源性并发症（主要为心律失常和心肌梗塞），肺炎，伤口感染或愈合不良，下肢静脉血栓和肺栓塞，脓胸，肺水肿，肾衰竭，血胸，持续疼痛，麻醉反应，肺膨胀不全，胸管引流持续增多，气胸等。
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